Pour renforcer les moyens de lutte contre les organismes nuisibles, le PRPV appuie les pays de la COI à deux niveaux : le contrôle et l'expérimentation de produits phytosanitaires en vue de leur homologation pour des usages mineurs. L'objectif est que les exploitants agricoles cessent d'employer des produits non homologués (justement parce qu'il n'existe pas de produits homologués pour ces usages) en raison des risques pour l'utilisateur lui-même, le consommateur et l'environnement.

D'autre part, des essais de méthodes de lutte alternatives à l'utilisation des pesticides sont menés dans les 5 pays membres du PRPV comme l'utilisation du purin de feuilles de consoude ou la mise en place de réseaux de piégeage. Enfin une méthode de lutte biologique à été mise en place aux Comores pour réguler les populations d'aleurode du cocotier.