• Identifier les agents phytopathogènes : méthodes de diagnostic

Le diagnostic constitue un ensemble de moyens permettant de confirmer l'origine d'une infection et d'identifier l'agent pathogène en cause. Ces moyens diagnostiques sont variés et caractérisent le diagnostic direct ou le diagnostic indirect.

• Le diagnostic direct est le seul diagnostic de certitude, car il permet la mise en évidence de la bactérie elle-même. Il permet son isolement qui permettra une identification ultérieure tout en précisant sa sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme).
• Le diagnostic indirect met en évidence la réponse de l'organisme à l'infection par la présence d'anticorps spécifiques, le plus souvent sériques ou plus rarement par une réponse d’hypersensibilité, dite allergique.

Pour confirmer un diagnostic et prouver que l’agent pathogène isolé est bien responsable des symptômes observés, des inoculations artificielles de la bactérie sont effectuées sur la plante hôte dans des conditions favorables à l’infection.

Ces méthodes sont fréquemment utilisées dans le diagnostic bactériologique. La plupart des méthodes de diagnostic mises au point sont basées sur l’amplification génique.

Ils mettent en œuvre l’interaction spécifique entre les anticorps et les antigènes et permettent de :
¤ Détecter une bactérie dans les tissus végétaux
¤ Identifier une espèce bactérienne isolée sur milieu gélosé

Ils peuvent conduire à la détermination du genre, de l'espèce, de la sous-espèce et orienter le diagnostic.