L’ARN des viroïdes ne code pour aucune protéine et présente une structure secondaire très importante. Comme les viroïdes ne fabriquent aucune protéine, il est difficile de voir comment ils affectent la cellule-hôte. L'hypothèse la plus probable est qu'ils perturbent l'expression normale des gènes au niveau des ARN messagers, ce qui affecterait tout le métabolisme cellulaire.
Ils n'affectent que les végétaux aux niveaux d'organisations complexes. Si certains ne causent pas ou peu de dommages apparents chez la plante, d'autres sont responsables du développement de maladies graves.
Les viroïdes diffèrent des virus en six points :
- Ils existent à l'intérieur des cellules en tant que particules d'ARN uniquement, sans capside ni enveloppe.
- Ils n'ont qu'un seul ARN circulaire qui contient très peu de nucléotides.
- Leur ARN ne code pour aucune protéine.
- Contrairement à certains virus, les viroïdes n'ont pas besoin de l'aide d'un virus pour infecter une cellule.
- Contrairement au virus dont l'ARN peut être copié dans le cytoplasme ou le noyau, l'ARN des viroïdes est copié dans le noyau uniquement.
- Il faut utiliser des techniques spéciales pour les détecter dans les tissus.
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